Βυζαντινή και Μεταβυζαντινή Συλλογή

Βρίσκεται στο εσωτερικό κομμάτι της βορειοδυτικής πλευράς των οχυρωματικών τειχών που μετονομάστηκε σε Μοναστήρι του Αγίου Σαλβατόρε. Η έκθεση αυτή είναι επικεντρωμένη στην ιστορική και καλλιτεχνική ταυτότητα της περιοχής των Χανίων κατά τη διάρκεια της Βυζαντινής και Μεταβυζαντινής περιόδου.

Τα εκθέματα έχουν διαχωριστεί σε ενότητες ανάλογα την κατηγορία τους (Μωσαϊκά, Επιγραφές, τοιχογραφίες, κεραμικά, γλυπτά, νομίσματα κ.α.) και είναι τοποθετημένα σε χρονολογική σειρά, συνοδευμένα από πίνακες πληροφοριών και χάρτες.